新冠病毒全球演化跟踪、新冠疫情全球动态监控预测

新冠病毒主要谱系世界分布

基于206个SNV位点 统计各国家和地区新冠病毒的谱系组成。基因组序列数据获取自GISAID。截至2020年12月2日,共下载217,305条基因组;经过质量控制和去冗余后,共筛选得到121,618条高质量序列用于分析。筛选标准:1) N < 5%;2) 序列长度大于29,000(除去N后);3) USEARCH根据序列一致性99.99%去掉冗余序列。

新冠病毒全球谱系
Card world
全球新冠疫情发展与预测

基于新冠病毒公共数据库,计算各个国家新冠病毒疫情再生系数,配合SUQC模型预测未来疫情发展趋势。

新冠病毒谱系分型工具

您可以输入或上传感兴趣的新冠病毒基因组序列(fasta格式),根据 206个SNV位点 进行分型。

全球新冠疫情动态监测

基于新冠病毒公共数据库,统计全球新冠疫情累计确诊病例、新增确诊病例、死亡病例、死亡率、现存确诊病例等动态监测。

新冠病毒变异信息统计

统计变异在新冠病毒基因组(221-29674区间)上的分布情况(突变位点总数:20,487,除去简并碱基)。数据来源为GISAID公开的病毒基因组(截至12月2日,筛选后共121,618条,筛选标准:1) N < 5%;2) 序列长度大于29,000(除去N后);3) USEARCH根据序列一致性99.99%去掉冗余序列。

团队发表成果
  • On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 (新型冠状病毒的起源与持续演化). National Science Review. DOI: 10.1093/nsr/nwaa036  PDF
  • Modeling the epidemic dynamics and control of COVID-19 outbreak in China (新冠肺炎在中国的传染病动力学及防控模型). Quantitative Biology. DOI: 10.1007/s40484-020-0199-0  PDF
  • Heightened protein-translation activities in mammalian cells and the disease/treatment implications (哺乳动物细胞中蛋白质翻译激活的增强及其对疾病和治疗的影响). National Science Review. DOI: 10.1093/nsr/nwaa066  PDF
  • The use of SARS-CoV-2-related coronaviruses from bats and pangolins to polarize mutations in SARS-Cov-2 (以蝙蝠和穿山甲中的相关冠状病毒研究新型冠状病毒的突变). SCIENCE CHINA Life Sciences. DOI: 10.1007/s11427-020-1764-2  PDF
  • Population Genetics of SARS-CoV-2: Disentangling Effects of Sampling Bias and Infection Clusters (新型冠状病毒的种群遗传学:解析抽样偏差和感染群的影响). Genomics, Proteomics & Bioinformatics. DOI: 10.1016/j.gpb.2020.06.001  PDF